刺客的信条阴影使玩家可以在两个主角之间进行选择:娜奥(Naoe),女性忍者和历史悠久的非洲武士Yasuke。这种选择通过关注单个角色来引起人们对潜在缺少内容的讨论。
创意总监乔纳森·杜蒙(Jonathan Dumont)向玩家保证,优先考虑一个主角不会导致大量错过的内容。虽然每个角色都具有独特的开头序列和个人故事弧,但游戏的叙述适应了玩家的选择。杜蒙本人以平衡的方式玩游戏,每隔几个小时在纳埃和Yasuke之间进行切换。但是,他强调玩家可以自由专注于自己的首选角色,而不必担心缺少重要的故事元素或游戏体验。无论选择的主角如何,核心的游戏玩法和叙事仍然可以访问。他鼓励玩家简单地发挥自己最享受的方式。