Met Assassin's Creed Shadows kunnen spelers kiezen tussen twee hoofdrolspelers: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai. Deze keuze heeft een discussie gegenereerd onder fans die zich zorgen maken over mogelijk missende inhoud door zich te concentreren op een enkel personage.
Creatief directeur Jonathan Dumont verzekert spelers dat het prioriteren van een hoofdrolspeler niet zal leiden tot aanzienlijke gemiste inhoud. Hoewel elk personage unieke openingssequenties en persoonlijke verhaalbogen bevat, past het verhaal van de game zich aan aan de keuze van de speler. Dumont zelf speelt het spel met een evenwichtige aanpak en schakelt om de paar uur tussen NAOE en Yasuke. Hij benadrukt echter dat spelers vrij zijn om zich te concentreren op hun favoriete personage zonder angst om cruciale verhaalelementen of gameplay -ervaringen te missen. De kerngameplay en het verhaal blijven toegankelijk, ongeacht de gekozen hoofdrolspeler. Hij moedigt spelers aan om gewoon te spelen zoals ze het meest genieten.