Assassin's Creed Shadows, oyuncuların iki kahraman arasında seçim yapmalarına izin verir: bir kadın shinobi olan Naoe ve tarihi bir Afrika samurayları Yasuke. Bu seçim, tek bir karaktere odaklanarak potansiyel olarak eksik içerikten endişe duyan hayranlar arasında tartışma yarattı.
Yaratıcı yönetmen Jonathan Dumont, oyunculara bir kahramana öncelik vermenin önemli ölçüde kaçırılan içeriğe yol açmayacağını garanti ediyor. Her karakter benzersiz açılış dizileri ve kişisel hikaye yaylarına sahip olsa da, oyunun anlatısı oyuncunun seçimine uyum sağlar. Dumont, oyunu dengeli bir yaklaşımla oynar ve Naoe ve Yasuke arasında birkaç saatte bir geçiş yapar. Bununla birlikte, oyuncuların önemli hikaye unsurlarını veya oyun deneyimlerini kaçırmaktan korkmadan tercih ettikleri karaktere odaklanmakta özgür olduklarını vurgulamaktadır. Temel oyun ve anlatı, seçilen kahramandan bağımsız olarak erişilebilir olmaya devam ediyor. Oyuncuları en çok zevk aldıkları şekilde oynamaya teşvik eder.