アサシンの信条の影により、プレイヤーは2人の主人公のどちらかを選択できます:Naoe(女性忍、歴史的なアフリカのサムライ)Yasuke。この選択は、単一のキャラクターに焦点を当てることにより、潜在的に欠落しているコンテンツを心配しているファンの間で議論を生み出しました。
クリエイティブディレクターのジョナサン・デュモンは、1人の主人公に優先順位を付けることで、コンテンツが大幅に見逃されないことをプレイヤーに保証します。各キャラクターはユニークなオープニングシーケンスと個人的なストーリーアークを特徴としていますが、ゲームの物語はプレイヤーの選択に適応します。 Dumont自身がバランスの取れたアプローチでゲームをプレイし、数時間ごとにNaoeとYasukeを切り替えます。しかし、彼は、プレイヤーが、重要なストーリー要素やゲームプレイの経験を見逃すことを恐れることなく、自分の好みのキャラクターに自由に集中できることを強調しています。コアゲームプレイと物語は、選択された主人公に関係なく、アクセス可能なままです。彼は、プレイヤーが最も楽しむ方法を単純にプレイするように勧めています。