Assassins Creed Shadows ermöglichen es den Spielern, zwischen zwei Protagonisten zu wählen: Naoe, ein weiblicher Shinobi, und Yasuke, ein historischer afrikanischer Samurai. Diese Wahl hat unter Fans, die besorgt über potenziell fehlende Inhalte durch die Konzentration auf einen einzelnen Charakter, zu Diskussionen geführt werden.
Der Kreativdirektor Jonathan Dumont versichert den Spielern, dass die Priorisierung eines Protagonisten nicht zu erheblichen verpassten Inhalten führt. Während jeder Charakter einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsbahnen enthält, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Dumont selbst spielt das Spiel mit einem ausgewogenen Ansatz und wechselt alle paar Stunden zwischen Naoe und Yasuke. Er betont jedoch, dass die Spieler frei sind, sich auf ihren bevorzugten Charakter zu konzentrieren, ohne Angst vor der fehlenden entscheidenden Elementen oder Spielerlebnissen zu fehlen. Das Kernspiel und die Erzählung bleiben unabhängig vom gewählten Protagonisten zugänglich. Er ermutigt die Spieler, einfach so zu spielen, wie sie es am meisten genießen.
